O Sítio Lagoas das Fajãs da Caldeira e dos Cubres é constituído por um conjunto de duas fajãs com lagoas, ligadas por uma zona costeira estreita, formada por praias de rochas roladas interrompidas por algumas superfícies planas resultantes da acumulação de detritos (fajãs pequenas).

As Fajãs dos Cubres e da Caldeira, são unidades geomorfológicas únicas, pelo facto de terem desenvolvido sistemas lagunares no seu interior únicos no arquipélago dos Açores e muito incomuns em ilhas vulcânicas oceânicas. São sobretudo acumulações de detritos, resultantes dos movimentos de massas da arriba próxima, com mais de 600 m de altura. As fajãs estão separadas do Oceano Atlântico por uma barreira de cascalho.

As propriedades físico-químicas da água das lagoas devem-se principalmente à mistura de água de planície com água do mar (água salobra), resultante de diferentes origens. Ambas são alimentadas pela infiltração de água subterrânea, proveniente dos planaltos da zona central da ilha de S. Jorge e da infiltração de água do mar através da barreira, bem como acima da barreira durante as tempestades.

A Lagoa da Caldeira tem também uma enseada de maré, sofrendo de uma forma mais grosseira os efeitos das marés. Tem sedimentos formados principalmente por areia com alguma lama e cascalho, enquanto a Lagoa dos Cubres tem outros materiais como o lodo.

As Fajãs da Caldeira de Santo Cristo e dos Cubres caracterizam-se por duas dimensões que lhe dão a sua relevância à escala regional, a ecológica e a sócio-cultural, que as distinguem das restantes fajãs.

Lagoas das Fajãs da Caldeira e dos Cubres | Ramsar Sites Information Service